VIROLOGI

PENDAHULUAN

• Virus dipelajari dalam ilmu virologi
• Virus merupakan oraganisme yang sangat kecil dari bakteri 
• Aseluler
• Satuan ukuran virus mili mikron (1/1000000 mm), sedangkan bakteri / sel  satuannya mikron (1 /1000 mm)
• Satuan kehidupannya pada virus adalah Virion sedangkan bakteri adalah sel
• Kata virus berasal dari bahasa latin yang berarti racun
• Virus juga dinamakan meta organisme, genom yang terbungkus di dalam suatu lapisan pelindung protein
• Virus dianggap sebagai jembatan antara makhluk hidup dan makhluk tak hidup , karena kemampuan dapat dikristalkan (seperti mati) dan dapat berkembang biak dengan replikasi /proliferasi (seperti hidup)
• Hanya mempunyai satu Asam nuklead DNA atau RNA

BATASAN VIRUS

• Virus merupakan organisme yang sangat kecil dan jauh lebih kecil dari bakteri dan mampu menembus saringan bakteri dan hanya dapat disaring dengan menggunakan saringan porselin (Dimitri Ivanowsky dan Beijerinck)
• Virus adalah parasit intra seluler ,dan parasit obligat dengan ukurannya 20-200 nm (mili mikron) bentuk dan komposisi kimianya bervariasi,
• Hanya mengandung satu asm nuklead saja yaitu RNA or asam nuklead DNA.
• Partikelnya secara utuh disebut “VIRION”
• Virion terdiri dari “Kapsid” dari bahan Protein yang diambil dari mahkluk hidup lain, mudahnya virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri.
• karena itulah Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup (obligatparasit)
• Virus resisten terhadap Antibiotics , sehingga tidak mati dengan antibiotik , mematikannya dengan Interferon

ASAL USUL VIRUS

• Asal-usul virus belum diketahui secara jelas
• Ada 3 hipotesis mengenai asal-usul virus :

1. Virus merupakan parasit sel-sel primitif dan keduanya berevolusi bersama. Banyak virus sekarang tidak menyebabkan kerusakan sel hospes dan tetap laten dalam tuan rumah (lisogenik)
2. Virus berevolusi dari kuman parasit. Meskipun demikian untuk organisme intraseluler obligat lainnya misal ada chlamydia, pada saat ini tidak ada bukti bahwa virus berevolusi ke kuman / bakteri
3. Virus mungkin merupakan komponen sel tuan rumah yg kemudian menjadi otonom

HISTORITIKAL VIRUS

• Virus pertama kali ditemukan oleh Adolf Meyer di Nederland pada tahun 1883
• Penelitian tentang virus dilanjutkan oleh ahli botani berkebangsaan Rusia yaitu Dimitri Ivanowski (1892), dan Baijerinck (1899) berkebangsaan Jerman Keduanya meneliti pada Daun tembakau yang terdapat bercak putih (Mozaik)
• Kemudian Keduanya menyimpulkan bahwa penyakit mozaik pada tembakau disebabkan oleh virus
• Loffer dan Frosch (1897) menemukan virus hewan yang menyebabkan penyakit mulut dan kuku pada ternak ( Mouth and Mouth Disease)
• Reed tahun 1907 menemukan virus yang menyebabkan penyakit demam kuning pada manusia
• Twort (1916) dan d’Herelle (1917) menemukan virus yang menyebabkan lisis pada bakteri yang disebut dengan bakteriofage.
• tahun(1935) saientis amerika Wendell Stanley mampu mengkristalkan virus TMV yang membuat Virus kehidupan yang serupa benda mati
• setelah itu ditemukan mikroskop elektron yang memudahkan pengamatan virus meskipun satuan ukurannya milimikron OK

SIFAT KHUSUS VIRUS

• Menurut Lwoff, Horne dan Tournier (1966) :

1. Bahan genetik virus terdiri dari DNA atau RNA, sehingga tidak terdiri dari kedua jenis asam nukleat sekaligus
2. Struktur dari virus relatif sangat sederhana, yakni terdiri dari pembungkus yang mengelilingi asam nukleat (DNA/RNA ) itu dari bahan Protein yang kemudian disebut kapsid
3. Virus mengadakan reproduksi hanya dalam sel hidup, yakni dalam sitoplasma, dalam nukleus atau di dalam keduanya dan tidak mengadakan kegiatan reproduksi jika berada di luar sel hidup
4. Virus tidak membelah diri dengan cara pembelahan karena konsep membelah diri adalah dibelah jadi dua dengan menggunakan materi sendiri , sedang Virus meskipun DNA nya bisa meriplikasi tetapi tetap harus mencari protein untuk membuat kapsid
5. Partikel virus baru dibentuk dengan suatu proses biosintesis majemuk yang dimulai dari pemecahan suatu partikel virus infektif menjadi lapisan protein pelindung dan komponen asam nukleat infektif ( Asembling /Perakitan)
6. Asam nukleat partikel virus yang menginfeksi sel mengambil alih kekuasaan dan pengawasan sistem enzim sel hospesnya, sehingga selaras dengan proses sintesis asam nukleat dan protein virus ( Eklipase / Sintesis / Proliferase)
7. Virus menginfeksi sel menggunakan ribosom sel hospes untuk keperluan metabolisme mendapatkan protein untuk kaopsidnya
8. Komponen-komponen utama virus dibentuk secara terpisah dan baru digabung di dalam sel hospes tidak lama sebelum dibebaskan / Lisis
9. Selama dalam proses pembebasan, bebrapa partikel virus mendapatkan selubung luar yang mengandung protein /glikoprotein / Lipid dan bahan lain yang sebagain besar berasal dari dalam sel hospes
10. Partikel virus lengkap dinamakan virion dan dari inti asam nukleat yang dikelilingi lapisan protein yang bersifat antigenik yang disebut dengan kapsid

BENTUK DAN UKURAN VIRUS

• Bentuk virus sangat bervariasi.

1. Ada yang berbebtuk bulat
2. oval
3. memanjang
4. silindris
5. dan ada juga yang berbentuk hurut T

• Ukuran tubuh virus sangat kecil dan bervariasi yaitu kira-kira berdiameter 20 nm, Karena sangat kecil maka virus tidak dapat dilihat dg menggunakan mikroskop biasa, kecuali poxyvirus

SUSUNAN TUBUH VIRUS

1. Kapsid

• Kapsid merupakan lapisan pembungkus tubuh virus, yang tersusun atas protein.
• Kapsid terdiri dari sejumlah kapsomer yang terikat satu sama lain dengan ikatan nonkovalen
• Fungsi kapsid :

1. Memberi bentuk virus
2. Sebagai pelindung virus dari kondisi lingkungan yang merugikan dirinya
3. Mempermudah proses penempelan pada proses penembusan ke dalam sel

2. Isi (Nucleic acid)

• Terdapat di sebelah dalam kapsid berupa materi genetik, yaitu suatu molekul pembawa sifat keturunan.
• Materi genetik ini berupa ARN atau ADn.
• Virus hanya memiliki satu asam nukelat saja
• Asam nukelat sering bergabung dengan protein sehingga disebut Nukleoprotein

3. Kepala dan ekor

• Ekor virus berfungsi melekatkan tubuh virus pada inang
• Struktur virus ada 2 macam yaitu virus telanjang dan virus terselubung
• Virus telanjang terdiri dari 5 kelompok :

1. Piconavirus
2. Reovirus
3. Adenovirus
4. Papovirus
5. Parvovirus

• Sedang virus lain di luar kapsid terdapat selubung luar (envelope) yang terdiri dari protein dan dan lipid
• Pengertian tentang asam ukleat virus mempunyai arti penting untuk memahami proses perkembangbiakan virus, sifat biologiknya dll

REPLIKASI VIRUS

• Perkambang biakan virus mempunyai arti penting agar mengetahui bagaimana virus bisa mematikan atau menstransformasi sel.

Adapun tahap-tahap replikasi virus adalah

1. Adsorpsi
2. Penetrasi sel inang
3. Eklipase
4. Asembling (Pembentukan virus baru)
5. Lisis (Pemecahan sel inang)

1. Adsorpsi

• Attachment (adsorption): the phage attaches to a protein or polysaccharide molecule (receptor) on the surface of the bacterial cell.
• Merupakan tahap penempelan (attachment) virus pada dinding sel inang. Virus menempelkan sisi tempel atau reseptor site ke dinding sel bakteri

2. Penetrasi sel inang

• Setelah reseptor site, bagian ini kemudian mengeluarkan enzim untuk membuka dinding sel bakteri
• Molekul asam nuklead virus bergerak keluar melalui pipa ekor dan masuk ke dalam sitoplasma sel melalui dinding sel yang terbuka
• Pada virus telanjang, proses penyusupan terjadi dengan cara fagositosis virion, sedangkan pada virus terselubung dapat terjadi dengan cara fusi yang diikuti masuknya nukleokapsid ke sitoplasma

3. Eklipase

• Asam nukleat virus menggunakan asam nukleat bakteri untuk membentuk bagian-bagian tubuh virus, seperti protein, asam nukleat dan kapsid
• Bahan yang digunakan berasal dari protein, enzim, san asam nukleat sel bakteri

4. Pembentukan virus(bakteriofage) baru

• Setelah bagian-bagian tubuh virus terbentuk, maka pada fase ini bagian-bagian itu akan digabungkan untuk menjadi virus yang baru dari 1 sel bakteri akan dihasilkan 100-300 virus baru

5. Pemecahan sel inang

• Akhir dari siklus adalah pecahnya sel bakteri.
• Di dalam sel bakteri terbentuk enzim lisosim yang mampu melarutkan ikatan kimia dinding sel bakteri. Setelah dinding sel pecah maka keluarlah virus baru itu dan selanjutnya mencari sel bakteri lainnya

CARA LISOGENIK :
Prinsipnya Inang yang diserang kuat sehinga virus tidak bisa menghancurkan seperti kasus Lisis namun Virus membentuk PROFAGE sehingga inang tetap hidup dan bisa berkembang biak tetapi di tubuh inang tetap ada Profage yang sewaktu waktu akan menghancurkan inang ketika antibody inang turun OK

KLASIFIKASI VIRUS

• Pada awalnya kriteria menentukan apakah suatu jasad termasuk virus atau bukan hanya didasarkan pada kemampuannya melewati saringan kuman
• Dengan lebih diketahuinya penyakit yang ditimbulkan, maka penggolongan virus lebih dikembangkan.
• Tahun 1966 dibentuk Komite Internasional Untuk Penamaan dan Penggolongan Virus.

Pada saat ini penggolongan virus meliputi pembagian atas famili, subfamili, genus dan spesies

1. Nama famili virus ditandai dengan akhiran viridae, anggota famili mempunyai sifat umum sama dan tidak banyak berubah. Anggota famili tertentu mempunyai morfologi virion, struktur dan replikasi genom khas.
2. Nama sub famili diberi akhiran virinae
3. Nama akhiran genus diberi akhiran virus
4. Kriteria dasar klasifikasi virus

• Jenis asam nukelat, ARN atau ADN
• Ukuran dan morfologi
• Adanya enzim spesifik yang dimiliki
• Kepekaan terhadap zat kimia dan keadaan fisik
• Cara penyebaran alamiah
• Gejala-gejala yang ditimbulkan
• Ada tidaknya selubung
• Banyaknya kapsomer

VIRUS DNA
Virus DNA (Deoxybo Nucleat Acid) terdiri dari 6 kelompok :

1. Poxvirus
2. Virus herpes
3. Adenovirus
4. Virus Papova
5. Virus parvo
6. Hepadnavirus

1. Poxvirus

• Merupakan virus yang memiliki ukuran cukup besar seperti batu bata
• Ukuran 300x200x100 nm.
• Dapat dilihat dengan mikroskop cahaya biasa
• Terdiri dari inti DNA dengan bagian tengah cekung

Ada 4 kelompok :

1. virus mamalia
2. virus unggas
3. onkogenik virus dan lain-lain

Virus mamalia :

1. Variola
2. Vaksinia
3. Cacar sapi
4. Ektro melia
5. Cacar kelinci
6. Cacar monyet

Virus unggas :

1. Virus burung
2. Virus kalkun
3. Virung onkogenik
4. Miksoma
5. Fibroma

Lain-lain :

• Virus dermatitis pustula menular
• Virus bintik-bintik pemerah susu
• Virus stomatitis pustula sapi

2. Virus herpes

• Berselubung, ikosahedron
• Berkembang biak dalam inti sel
• Dibungkus selubung yang peka eter
• Ukuran 100-150 nm

Ada 5 macam Herpes karena Virus :

• Herpes simplek
• Varicella
• Herpes zooster
• Sitomegalovirus
• Virus epstein barr

Herpes simplek

• Menyebabkan erupsi kulit vesikuler ringan

Ada 2 type :

1. Tipe infeksi pada mulut, mata, SSP
2. Tipe infeksi pada alat kelamin

Varicella

• Morfologi identik dengan herpes simplek
• Menyebabkan cacar air pada anak-anak
• Gejala berupa erupsi vesikel pada kulit dan selaput lendir, timbul tidak serentak

Sumber penderita cacar atau herpes zoster

Herpes Zoster

• Pada infeksi varicella infeksi menyeluruh, tetapi pada herpes zoster terlokalisasi
• Yang paling sering terkena adalah daerah kulit yang dipersyarafi oleh segmen sumsum tulang belakang T2 – L2 dan nervus trigeminus

Sitomegalovirus

• Mirip virus herpes yang lain
• Menyebabkan pembengkaan sel host
• Bila sistemik menyebabkan pembengkakan hati

Virus Epstein Barr

• Tidak dapat dibedakan dengan virus herpes yang lain
• Memiliki afinitas terhjdap sel limfoblast
• Menginfeksi sel limfosit
• Menyebabkan leukopenia

3. Adeno Virus

• Virus DNA tidak berselubung
• Berbentuk bulat diameter 70-90 nm
• Stabil pada suhu 4-36o C
• Mati pada suhu 56 derajad Celsius

Misal : Adenovirus manusia hanya hidup pada sel manusia

• Memiliki efek mengelompokkan dan membulatkan sel host  mirip gumpalan sehingga terjadi sarkoma

4. Virus Papova

• Berkembang dalam inti sel
• Tahan terhadap eter
• Menyebabkan kutil pada manusia

5. Virus parvo

• Virus berukuran kecil
• Diameter 18-22 nm
• Kebal terhadap eter
• Ditemukan pada binatang
• Pada manusia belum jelas

6. Hepadnavirus

• Virion : berselubung (HBsAg), berdiamter 42 nm
• Replikasi di hepatosid
• Misal : Virus hepatitis B

VIRUS RNA

Virus RNA terdiri dari 9 kelompok :

• Virus picorna
• Orthomyxo virus
• Paramyxo Virus
• Virus Rubella
• Rhabdo Virus
• Arbovirus
• Virus Corona
• Virus Leuko
• Virus Rheo

1. Virus Picorna

• Ukuran kecil 20-30 nm, tak terselubung kebal terhadap eter
• Terdiri dari 2 tipe :

1. Virus polio
2. Orthomyxo Virus

Virus polio

• Berdiameter 30 nm, Bulat, Kebal eter, Kloroform Garam emepedu
• Dapat hidup pada pH rendah dan suhu rendah
• Menyebabkan penyakit Poliomyelitis pada manusia

Virus Coxsachie

• Menyebabkan faringitis vesikuler, ISPa ringan dan meningitis

2.Orthomyxo Virus

• Virus RNA berselubung yangmampu diserap oleh reseptor eritrosit
• Ukuran 80-120 nm
• Berbentuk bulat
• Yang termasuk golongan virus ini adalah virus influenza
• Virus Influenza menyebabkan infeksi saluran pernafasan,
• Virus masuk (port de entri ) mukosa saluran nafas.
• Sembuh sendiri dalam waktu 3-7 hari apabila tanpa infeksi sekunder

4. Paramyxo Virus

• Virus besar berukuran 100-250 nm
• Yang termasuk golongan virus ini adalah :

Parotitis epidemica (Mumps)

• Menyebabkan infeksi akut pada kelenjar ludah
• Tanda khas berbicara dengan bergumam
• Inaktif pada suhu kamar, UV, eter dan formaldehida
• Port de entri mukosa saluran nafas dan konjungtiva

Respiratory syncytial virus

• Menyebabkan bronkiolitis dan pneumonia

Campak

• Menyebabkan infeksi akut sangat menular ditandai dengan ruam makulopapular menyeluruh didahului oleh demam, batuk, radang konjungtiva berair, biasanya sembuh sendiri

4. Virus Rubella

• Merupakan virus RNA berselubung
• Pada anak menyebabkan limfadenopati
• Pada dewasa menyebabkan infeksi sendi dan perdarahan bawah kulit
• Pada masa awal kehamilan embriopati
• Ukuran 50-70 nm
• berbentuk bulat
• tidak tahan pemanasan
• inaktif oleh eter dan kloroform
• Port de entrée mukosa saluran nafas
• Berkembang biak pada KGB leher
• Bagi petugas kesehatan hati-hati terhadap bayi yang terinfeksi virus ini

5. Rhabdo virus

• Berbentuk seperti peluru, ukuran 120-200 x 60-80 nm
• Berkembang biak pada sitoplasma sel host

Yang termasuk virus ini adalah :

1. Virus rabies

• Mati oleh sinar UV , pemanasan, eter, asam kuat dan basa kuat,
• berkembang biak pada hewan berdarah panas (anjing)
• Apabila manusia terinfeksi digigit anjing virus masuk luka melalui serabut syaraf sumsum tulang belakang
• dan SSP menyebar ke tempat lain

GEJALA RABIES

• Gejala awal lesu
• Nafsu makan menurun
• Mual
• Muntah
• Sakit kepala
• Demam
• Gejala lanjut sensitif terhadap rangsangan
• kejang
• koma dan mati

6. Arbo Virus

• Virus RNA
• berbentuk bulat
• diameter 20-60 nm
• berselubung lipid
• peka terhadap eter, garam empedu
• Berkembang biak pada serangga oleh karena itu ditularkan oleh srangga
• Dalam tubuh manusia berkembang biak dalam sel limfosit dan trombosit

Misal :

1. Virus Ensefalitis
2. Virus penyebab penyakit demam

7. Virus corona

• Berbentuk lonjong atau bulat
• Peka terhadap eter
• Menyebabkan batuk pilek, ispa dan hepatitis pada mencit

8. Virus Leuko

• Merangsang timbulnya tranaformasi keganasan pada sel leukosit
• Menyebabkan leukemia

9. Virus Reo

• Virus RNA berserat rangkap
• Tanpa selubung
• Kebal terhadap eter
• Penyebab infeksi saluran nafas dan saluran pencernaan
• Unclassified virus
• Penyebab ensefalopati

Misal

• virus hepatitis C
• virus hepatitis Delta

Routes of Virus Transmission

1. Oral transmission
2. Direct skin contact.
3. Transplacental.
4. Droplet transmission.
5. Direct inoculation.
6. Sexual transmission.

Bioteknologi Modern

BIOTEKNOLOGI MODERN

• Seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan, para ahli telah mulai lagi mengembangkan bioteknologi dengan memanfaatkan prinsip-prinsip ilmiah melalui penelitian.
• Dalam bioteknologi modern orang berupaya dapat menghasilkan produk secara efektif dan efisien.
• Bioteknologi modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa DNA, selain memanfaatkan dasar mikrobiologi dan biokimia.
• Aplikasi bioteknologi modern juga mencakup berbagai aspek kehidupan manusia, misalnya pada aspek pangan, pertanian, peternakan, hingga kesehatan dan pengobatan.
• Dewasa ini, bioteknologi tidak hanya dimanfaatkan dalam industri makanan tetapi telah mencakup berbagai bidang, seperti rekayasa genetika, penanganan polusi, penciptaan sumber energi, dan sebagainya.
• Dengan adanya berbagai penelitian serta perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, maka bioteknologi makin besar manfaatnya untuk masa-masa yang akan datang.
• Beberapa penerapan bioteknologi modern sebagai berikut.

REKAYASA GENETIKA

• Rekayasa genetika merupakan suatu cara memanipulasikan gen untuk menghasilkan makhluk hidup baru dengan sifat yang diinginkan.
• Rekayasa genetika disebut juga pencangkokan gen atau rekombinasi DNA.
• Dalam rekayasa genetika digunakan DNA untuk menggabungkan sifat makhluk hidup.
• Hal itu karena DNA dari setiap makhluk hidup mempunyai struktur yang sama, sehingga dapat direkomendasikan.
• Selanjutnya DNA tersebut akan mengatur sifatsifat makhluk hidup secara turun-temurun.
• Untuk mengubah DNA sel dapat dilakukan melalui banyak cara, misalnya melalui transplantasi inti, fusi sel, teknologi plasmid, dan rekombinasi DNA.

Transplantasi inti

• Transplantasi inti adalah pemindahan inti dari suatu sel ke sel yang lain agar didapatkan individu baru dengan sifat sesuai dengan inti yang diterimanya.
• Transplantasi inti pernah dilakukan terhadap sel katak.
• Inti sel yang dipindahkan adalah inti dari sel-sel usus katak yang bersifat diploid.
• Inti sel tersebut dimasukkan ke dalam ovum tanpa inti, sehingga terbentuk ovum dengan inti diploid.
• Setelah diberi inti baru, ovum membelah secara mitosis berkali-kali sehingga terbentuklah morula yang berkembang menjadi blastula.
• Blastula tersebut selanjutnya dipotong-potong menjadi banyak sel dan diambil intinya.
• Kemudian inti-inti tersebut dimasukkan ke dalam ovum tanpa inti yang lain.
• Pada akhirnya terbentuk ovum berinti diploid dalam jumlah banyak.
• Masing-masing ovum akan berkembang menjadi individu baru dengan sifat dan jenis kelamin yang sama.

Fusi sel/Hibridoma

• Fusi sel adalah peleburan dua sel baik dari spesies yang sama maupun berbeda supaya terbentuk sel bastar atau hibridoma.
• Fusi sel diawali oleh pelebaran membran dua sel serta diikuti oleh peleburan sitoplasma (plasmogami) dan peleburan inti sel (kariogami).
• Manfaat fusi sel, antara lain untuk pemetaan kromosom, membuat antibodi monoklonal, dan membentuk spesies baru.
• Di dalam fusi sel diperlukan adanya:

1. sel sumber gen (sumber sifat ideal)
2. sel wadah (sel yang mampu membelah cepat)
3. fusigen (zat-zat yang mempercepat fusi sel).

Teknologi plasmid

• Plasmid adalah lingkaran DNA kecil yang terdapat di dalam sel bakteri atau ragi di luar kromosomnya.
• Sifat-sifat plasmid, antara lain:

1. merupakan molekul DNA yang mengandung gen tertentu
2. dapat beraplikasi diri
3. dapat berpindah ke sel bakteri lain
4. sifat plasmid pada keturunan bakteri sama dengan plasmid induk.

• Karena sifat-sifat tersebut di atas plasmid digunakan sebagai vektor atau pemindah gen ke dalam sel target.

Rekombinasi DNA 

• Rekombinasi DNA adalah proses penggabungan DNA-DNA dari sumber yang berbeda. Tujuannya adalah untuk menyambungkan gen yang ada di dalamnya.
• Oleh karena itu, rekombinasi DNA disebut juga rekombinasi gen.
• Rekombinasi DNA dapat dilakukan karena alasan-alasan sebagai berikut.

1. Struktur DNA setiap spesies makhluk hidup sama
2. DNA dapat disambungkan

Bioteknologi bidang kedokteran

• Bioteknologi mempunyai peran penting dalam bidang kedokteran, misalnya dalam pembuatan antibodi monoklonal, vaksin, antibiotika dan hormon.

Pembuatan antibodi monoklonal

• Antibodi monoklonal adalah antibodi yang diperoleh dari suatu sumber tunggal.
• Manfaat antibodi monoklonal, antara lain:

1. untuk mendeteksi kandungan hormon korionik gonadotropin dalam urine wanita hamil
2. mengikat racun dan menonaktifkannya
3. mencegah penolakan tubuh terhadap hasil transplantasi jaringan lain.

Pembuatan vaksin

• Vaksin digunakan untuk mencegah serangan penyakit terhadap tubuh yang berasal dari mikroorganisme.
• Vaksin didapat dari virus dan bakteri yang telah dilemahkan atau racun yang diambil dari mikroorganisme tersebut.

Pembuatan antibiotika

• Antibiotika adalah suatu zat yang dihasilkan oleh organisme tertentu dan berfungsi untuk menghambat pertumbuhan organisme lain yang ada di sekitarnya.
• Antibiotika dapat diperoleh dari jamur atau bakteri yang diproses dengan cara tertentu.
• Zat antibiotika telah mulai diproduksi secara besar-besaran pada Perang Dunia II oleh para ahli dari Amerika Serikat dan Inggris.

Pembuatan hormon

• Dengan rekayasa DNA, dewasa ini telah digunakan mikroorganisme untuk memproduksi hormon.
• Hormon-hormon yang telah diproduksi, misalnya insulin, hormon pertumbuhan, kortison, dan testosteron.

TANAMAN TRANSGENIC

ROH DASAR KERJA BIOTEKNOLOGI MODERN

• Sebagai metode in vitro, PCR menggunakan dua primer oligonukleotida yang menghibridisasi pita yang berlawanan dan mengapit dua target DNA.
• Kesederhanaan dan tingginya tingkat kesuksesan amplifikasi sekuens DNA yang diperoleh, menyebabkan teknik ini semakin luas digunakan.
• Pada dasarnya, reaksi PCR merupakan tiruan dari proses replikasi DNA in vivo, yakni melalui proses pembukaan rantai DNA utas ganda (denaturasi), penempelan primer (annealing), dan perpanjangan rantai DNA baru (extension) oleh DNA polimerase dari terminal 5' ke 3'.
• Bedanya dengan replikasi in vivo, teknik ini tidak menggunakan enzim ligase dan primer RNA.
• Secara sederhana, teknik PCR dilakukan dengan mencampurkan sampel DNA dengan primer oligonukleotida trifosfat (dNTP), enzim termostabil Taq DNA polimerase dalam larutan DNA yang sesuai ; dan kemudian menaikan dan menurunkan suhu campuran secara berulang dalam beberapa puluh siklus hingga akhirnya diperoleh jumlah sekuens DNA yang diinginkan.

DETAILNYA DEMIKIAN

Prinsip Kerja

• Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi (perbanyakan) primer oligonukleotida diarahkan secara enzimatik urutan DNA spesifik.
• Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan 105-106-kali lipat dari jumlah nanogram DNA template dalam latar belakang besar pada sequence yang tidak relevan (misalnya dari total DNA genomik).
• Sebuah prasyarat untuk memperbanyak urutan menggunakan PCR adalah memiliki pengetahuan, urutan segmen unik yang mengapit DNA yang akan diamplifikasi, sehingga oligonucleotides tertentu dapat diperoleh.
• Hal ini tidak perlu tahu apa-apa tentang urutan intervening antara primer. Produk PCR diamplifikasi dari template DNA menggunakan DNA polimerase stabil-panas dari Thermus aquaticus (Taq DNA polimerase) dan menggunakan pengatur siklus termal otomatis (Perkin-Elmer/Cetus) untuk menempatkan reaksi sampai 30 atau lebih siklus denaturasi, anil primer, dan polimerisasi.
• Setelah amplifikasi dengan PCR, produk ini dipisahkan dengan elektroforesis gel poliakrilamida dan secara langsung divisualisasikan setelah pewarnaan dengan bromida etidium.

• PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi) potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer oligonukleotida.
• Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA templatnya.
• Proses tersebut mirip dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.

• PCR memungkinkan adanya perbanyakan DNA antara dua primer, hanya di dalam tabung reaksi, tanpa perlu memasukkannya ke dalam sel (in vivo).
• Pada proses PCR dibutuhkan DNA untai ganda yang berfungsi sebagai cetakan (templat) yang mengandung DNA-target (yang akan diamplifikasi) untuk pembentukan molekul DNA baru, enzim DNA polimerase, deoksinukleosida trifosfat (dNTP), dan sepasang primer oligonukleotida.
• Pada kondisi tertentu, kedua primer akan mengenali dan berikatan dengan untaian DNA komplemennya yang terletak pada awal dan akhir fragmen DNA target, sehingga kedua primer tersebut akan menyediakan gugus hidroksil bebas pada karbon 3’.
• Setelah kedua primer menempel pada DNA templat, DNA polimerase mengkatalisis proses pemanjangan kedua primer dengan menambahkan nukleotida yang komplemen dengan urutan nukleotida templat. DNA polimerase mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara OH pada karbon 3’ dengan gugus 5’ fosfat dNTP yang ditambahkan.
• Sehingga proses penambahan dNTP yang dikatalisis oleh enzim DNA polimerase ini berlangsung dengan arah 5’→3’ dan disebut reaksi polimerisasi. Enzim DNA polimerase hanya akan menambahkan dNTP yang komplemen dengan nukleotida yang terdapat pada rantai DNA templat.

• PCR melibatkan banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap berurutan, yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada DNA target dan pemanjangan (extension) primer atau reaksi polimerisasi yang dikaalisis oleh DNA polimerase.

Kegunaan

• Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat digunakan untuk:

1. amplifikasi urutan nukleotida.
2. menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi.
3. bidang kedokteran forensik.
4. melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan “finger print”.

Waktu yang Dibutuhkan 

1. 1-2 hari
2. PCR: 3-6 jam atau semalam
3. Polyacrylamide gel electrophoresis using “Mighty-small II” gel apparatus: 2.5 hours poliakrilamid gel elektroforesis menggunakan “Mighty-small II” bahan gel: 2,5 jam
4. Etidium bromide staining dan fotografi: 45 menit

Reagen Khusus

1. Pasangan primer oligonukleotida sintetik mengapit urutan yang akan diamplifikasi
2. Buffer PCR 5X (250 mM KCl, 50 mM Tris-HCl pH 8,3, 7,5 mM MgCl2)
3. Campuran dari empat dNTP (dGTP, dATP, dTTP, dCTP) masing-masing sebesar 2,5 mM (ultra murni DNTP set, Pharmacia # 27-2035-01). DNTP campuran dibuat dengan volume 10 mM larutan dari masing-masing empat dNTP terpisah yang digabung.
4. Taq DNA Polymerase (AmpliTaqTM, Perkin-Elmer/Cetus)
5. Minyak mineral ringan
6. Akrilamida (grade elektroforesis)
7. N, N’-Methylenebisacrylamide (grade elektroforesis, Ultra-Pure/BRL, # 5516UB)
8. Amonium persulfat (Ultra-Pure/BRL, # 5523UA)
9. TEMED (N, N, N’N ‘Tetramethylethylenediamine, Ultra-Murni / BRL, # 5524UB)

Peralatan Khusus

1. Mighty-small II SE-250 vertical gel electrophoresis unit (Hoefer)
2. Perkin-Elmer/Cetus Thermal Cycler
3. Sterile Thin-wall 0.5 ml Thermocycler microfuge tubes: (TC-5, Midwest Scientific)

Komponen PCR lainnya:

1. Enzim DNA Polymerase Dalam sejarahnya, PCR dilakukan dengan menggunakan Klenow fragment DNA Polimerase I selama reaksi polimerisasinya. Enzime ini ternyata tidak aktif secara termal selama proses denaturasi, sehingga peneliti harus menambahkan enzim di setiap siklusnya. Selain itu, enzim ini hanya bisa dipakai untuk perpanjangan 200 bp dan hasilnya menjadi kurang spesifik. Untuk mengatasi kekurangan tersebut, dalam perkembangannya kemudian dipakai enzim Taq DNA polymerase yang memiliki keaktifan pada suhu tinggi. Oleh karenanya, penambahan enzim tidak perlu dilakukan di setiap siklusnya, dan proses PCR dapat dilakukan dalam satu mesin
2. Primer Primer merupakan oligonukleotida pendek rantai tunggal yang mempunyai urutan komplemen dengan DNA templat yang akan diperbanyak. Panjang primer berkisar antara 20-30 basa. Untuk merancang urutan primer, perlu diketahui urutannukleotida pada awal dan akhir DNA target. Primer oligonukleotida di sintesis menggunakan suatu alat yang disebut DNA synthesizer.
3. Reagen lainnya Selain enzim dan primer, terdapat juga komponen lain yang ikut menentukan keberhasilan reaksi PCR. Komponen tersebut adalah dNTP untuk reaksi polimerisasi, dan buffer yang mengandung MgCl2. Konsentrasi ion Mg2+dalam campuran reaksi merupakan hal yang sangat kritis. Konsentrasi ion Mg2+ ini sangat mempengaruhi proses primer annealing, denaturasi, spesifisitas produk, aktivitas enzim dan fidelitas reaksi.

Tahapan PCR

1. Denaturasi Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang komplemen. Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi polimerisasi pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan antara suhu 90 oC – 95 oC.
2. Penempelan primer Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan komplemen pada template. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 50 oC – 60 oC. Selanjutnya, DNA polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya, misalnya pada 72 oC.
3. Reaksi polimerisasi (extension) Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi pada suhu 72 oC. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi 3’nya dengan penambahan dNTP yang komplemen dengan templat oleh DNA polimerase.

• Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua primer akan diamplifikasi secara eksponensial (disebut amplikon yang berupa untai ganda), sehingga mencapai jumlah copy yang dapat dirumuskan dengan (2n)x.
• Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal molekul DNA.
• Jadi, seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus berlangsung, setelah satu siklus, akan menjadi 2 copy, sesudah 2 siklus akan menjadi 4, sesudah 3 siklus akan menjadi 8 kopi dan seterusnya.
• Sehingga perubahan ini akan berlangsung secara eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir dari setiap siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3’ dari potongan DNA yang dihasilkan.
• Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di kloning dengan menggunakan vektor yang ditambahkan nukleotida T pada ujung-ujung 5’-nya. Proses PCR dilakukan menggunakan suatu alat yang disebut thermocycler.

Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (Rt-Pcr)

• RT-PCR merupakan singkatan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction. Seperti namanya, proses RT-PCR merupakan bagian dari proses PCR biasa. Perbedaanya dengan PCR yang biasa, pada proses ini berlangsung satu siklus tambahan yaitu adanya perubahan RNA menjadi cDNA (complementary DNA) dengan menggunakan enzim Reverse Transkriptase. Reverse Transcriptase adalah suatu enzim yang dapat mensintesa molekul DNA secara in vitro menggunakan template RNA.

• Seperti halnya PCR biasa, pada pengerjaan RT-PCR ini juga diperlukan DNA Polimerase, primer, buffer, dan dNTP. Namun berbeda dengan PCR, templat yang digunakan pada RT-PCR adalah RNA murni. Oleh karena primer juga dapat menempel pada DNA selain pada RNA, maka DNA yang mengkontaminasi proses ini harus dibuang. Untuk proses amplifikasi mRNA yang mempunyai poly(A) tail pada ujung 3′, maka oligo dT, random heksamer, maupun primer spesifik untuk gen tertentu dapat dimanfaatkan untuk memulai sintesa cDNA.

Metoda Deteksi Produk PCR

• Produk PCR adalah segmen DNA (amplikon) yang berada dalam jumlah jutaan copy, tetapi tidak dapat dilihat dengan mata telanjang.
• Oleh karena itu PCR perlu diikuti dengan suatu tahap akhir yang bertujuan untuk memvisualisasikan produk PCR serta sekaligus bertujuan untuk mengetahui ukuran produk PCR dan mengetahui apakah produk yang dihasilkan adalah benar seperti yang diinginkan.
• Salah satu metoda deteksi yang umum dilakukan adalah elektroforesis gen agarosa.

http://biologigonz.blogspot.com/

Artikel Macam-Macam Bakteri Merugikan

BAKTERI MERUGIKAN

Bakteri perusak makanan

• Beberapa spesies pengurai tumbuh di dalam makanan.
• Mereka mengubah makanan dan mengeluarkan hasil metabolisme yang berupa toksin (racun).
• Racun tersebut berbahaya bagi kesehatan manusia.

Contohnya:

• Clostridium botulinum, menghasilkan racun botulinin, seringkali terdapat pada makanan kalengan
• Pseudomonas cocovenenans, menghasilkan asam bongkrek, terdapat pada tempe bongkrek
• Leuconostoc mesenteroides, penyebab pelendiran makanan

Bakteri denitrifikasi

• Jika oksigen dalam tanah kurang maka akan berlangsung denitrifikasi
• Denitrifikasi yaitu nitrat direduksi sehingga terbentuk nitrit dan akhirnya menjadi amoniak yang tidak dapat dimanfaatkan oleh tumbuhan.

Contoh bakteri yang menyebabkan denitrifikasi adalah

• Micrococcus denitrificans
• Pseudomonas denitrificans.

Bakteri patogen

• Merupakan kelompok bakteri parasit yang menimbulkan penyakit pada manusia, hewan dan tumbuhan.
• Bakteri penyebab penyakit pada manusia:

• Bakteri penyebab penyakit pada hewan:

• Bakteri penyebab penyakit pada tumbuhan:

Bagaimana Bakteri patogenik Penyebab Penyakit?

• Ada banyak bakteri bermanfaat bagi manusia yang hidup di dan di dalam sistem tubuh manusia.Ini bakteri bermanfaat membantu sistem kekebalan tubuh kita menjauhkan bakteri patogen.
• Banyak orang bertanya karena itu ' adalah infeksi bakteri menular '?
• Bakteri ini menular dan banyak bakteri patogen penyakit yang mempengaruhi manusia di seluruh dunia.
• Ketika sistem kekebalan tubuh dan bakteri menguntungkan yang terpengaruh dalam beberapa cara, bakteri patogen dapat menyerang tubuh dan menyebabkan penyakit.
• Dalam kasus seperti ini, dikenal sebagai infeksi oportunistik.
• Bakteri dapat menyebabkan keracunan makanan, kerusakan gigi, anthrax, pneumonia bakteri dan menyebabkan banyak kanker pada manusia.

Bagaimana beberapa bakteri penyebab penyakit dan lainnya tidak?

• Bakteri patogenik memiliki karakteristik tertentu yang mereka butuhkan, dan digunakan, menyebabkan penyakit.
• Ini disebut virulensi faktor-sehingga memiliki fungsi spesifik dalam langkah-langkah yang berurutan yang menyebabkan infeksi.
• Infeksi dapat dilihat sebagai miniatur pertempuran antara bakteri dan host, yang pertama kali mencoba untuk tetap hadir, dan untuk memberi makan dan bertambah, sementara tuan rumah sedang mencoba untuk mencegah hal ini.
• Infeksi yang dihasilkan adalah sebuah proses dengan tiga kemungkinan hasil: menang host dan bakteri dihapus (mungkin dengan bantuan obat) sehingga host dapat memulihkan; bakteri memenangkan pertempuran akhir dan membunuh tuan rumah mereka
• bakteri infeksi adalah penyebab utama kematian terutama bagi anak-anak dan orang tua), atau ekuilibrium tercapai di mana tuan rumah dan terpaksa hidup bersama bakteri dan kerusakan diminimalkan.

Berikut ini beberapa contoh faktor virulensi yang dihasilkan oleh bakteri tertentu, dan peran

mereka dalam patogenisitas :

1. Fimbriae, atau pili. seperti struktur rambut di permukaan tubuh bakteri disebut fimbriae atau pili . rambut ini dapat menempel ke situs tertentu tubuh kita, dan dengan cara ini bakteri tersebut tidak dapat dihilangkan (pemindahan bakteri dari situs sensitif adalah salah satu pertahanan kita). Misalnya, E. coli menghasilkan fimbria yang dapat melekat pada lapisan epitel pada saluran urogenital. Itulah bagaimana mereka dapat menyebabkan infeksi kandung kemih tanpa memerah pergi. Langkah pertama dalam patogenesis adalah bakteri untuk mencapai situs yang menarik dan tetap di sana. Untuk situs banyak tubuh patogen tantangan berikutnya adalah untuk bersaing dengan flora komensal (bakteri yang yang baik untuk tubuh manusia).
2. Flagella.Ini adalah ekor panjang dengan mana bakteri dapat berenang. gerak bakteri membantu mencapai lokasi di mana mereka bisa bertahan hidup, dan untuk itu flagela alasan dapat memiliki fungsi dalam patogenisitas.
3. Racun. Beberapa bakteri menghasilkan senyawa beracun yang membahayakan menjadi tuan rumah mereka. Faktor-faktor ini disebut racun. Racun dapat memiliki semua jenis efek. Mereka dapat menyebabkan muntah dan diare menyebabkan, mereka dapat mempengaruhi sel-sel saraf kita dan melumpuhkan kita, atau menyebabkan kram otot, atau menyebabkan rasa sakit parah, atau demam, dll yang berbeda-beda menghasilkan racun bakteri yang berbeda, dan kadang-kadang mereka akan benar-benar tidak berbahaya tanpa racun . Dalam beberapa kasus, bakteri menghasilkan toksin di mana pun mereka tumbuh, dan jika kami makan produk-produk bakteri kita sakit, bahkan tanpa terinfeksi oleh bakteri yang hidup. Itulah yang terjadi selama beberapa jenis makanan poisening. Makanan yang telah diberi bakteri tertentu dapat berisi racun, bakteri dan produk-produk ini akan membuat kita sakit.Clostridium bakteri adalah beberapa racun jahat produsen

Dari Mana Bakteri patogenik Datang? 

• Ada empat sumber utama bakteri patogen di mana saja yang mendapatkan bakteri masuk ke tubuh dan menimbulkan infeksi.

1. Sumber utama bakteri patogen adalah makanan mentah seperti daging, unggas, telur, produk susu, beras, dll
2. Bakteri patogen merupakan hama dan hewan peliharaan. Hama seperti kecoa, tikus, tikus, dll pembawa bakteri. Hewan peliharaan yang terinfeksi dengan kutu dan kutu juga menyebabkan penyakit pada manusia akibat gigitan kutu atau tick.
3. Sumber bakteri patogen ketiga adalah orang-orang. Orang dapat meneruskan infeksi oleh berbagi makanan, peralatan, pakaian, bahkan berciuman dan melalui cairan tubuh yang terinfeksi dan tetesan pernafasan.
4. Sumber terakhir dari penyakit menular melalui tanah. Tanah kaya dengan bakteri patogen yang dapat menyebabkan keracunan, infeksi dan bahkan gangren. Anda bahkan dapat menemukan bakteri yang menyebabkan penyakit patogen dalam air tergenang di bawah pendingin, dan tangki air limbah terungkap.

Patogenesis Penyakit

• Tampilan awal dari penyakit sampai tahap akhir adalah dikenal sebagai patogenesis penyakit. Hal ini sangat penting untuk mengidentifikasi penyakit dan mengobatinya sesuai. Langkah pertama dari penyakit ini adalah asal dari penyakit, perubahan progresif yang terjadi dalam tubuh dan aksi dari penyakit pada tubuh karena berkembang terus di tubuh. Misalnya, ketika seorang anak jatuh saat bermain dan mengembangkan luka, luka itu akan terjajah dengan bakteri Stafilokokus. Bakteri menyebabkan inflamasi dan karena bakteri tumbuh, mereka menyebabkan infeksi penuh sesak nafas. Proses mendapatkan luka sampai perkembangan infeksi dikenal sebagai patogenesis. Studi tentang patogenesis penyakit ini sangat penting bagi para profesional medis dan ilmuwan karena membantu mereka memahami penyebabnya, perubahan dalam tubuh, epidemiologi, diagnosis dan pengobatan penyakit.

DESKRIPSI BAKTERI PATOGEN

Streptococcus

• streptokokus adalah bakteri umum yang hadir dalam tubuh manusia. Namun, beberapa strain streptokokus dapat menyebabkan banyak penyakit manusia. Bakteri patogen manusia seperti streptokokus pyogenes (streptokokus grup A) menyebabkan faringitis bakteri, yaitu, Radang tenggorokan .Radang tenggorokan yang tidak segera diobati dapat menyebabkan demam rematik dan glomerulonefritis. Infeksi lain termasuk impetigo dan yang terburuk dari semua necrotizing fasciitis (fllesh bakteri makan).

Staphylococcus

• Bakteri patogen umum manusia paling adalah Stafilokokus, terutama Staphylococcus aureus. Bakteri ini hadir pada kulit dan selaput lendir. Ketika mendapat kesempatan, tidak menjauhkan diri dari penyebab infeksi superfisialis dan sistemik. Contoh-contoh penyakit patogen oleh bakteri ini termasuk bisul, impetigo, folikulitis. Hal ini juga dapat menyebabkan infeksi serius radang paru-paru, bakteremia dan infeksi dari luka dan tulang. Ada beberapa racun yang dihasilkan oleh Staphylococcus aureus yang menyebabkan keracunan makanan dan sindrom syok toksik.

Bakteri yang menguntungkan bagi kehidupan manusia, antara lain, sebagai berikut.

1. Rhizobium leguminosarum bersimbiosis pada akar leguminosae untuk mengikat nitrogen.
2. Azotobacter sp hidup di dalam tanah dan dapat mengikat nitrogen sehingga dapat menyuburkan tanah, bersifat soliter
3. Escherichia coli membantu pembusukan makanan di dalam usus besar dan penghasil vitamin K yang membantu pembekuan darah.
4. Lactobacillus sp. dimanfaatkan untuk proses pembuatan susu yogurt dan susu keju.
5. Acetobacter xylium dimanfaatkan untuk pembuatan nata de coco.
6. Acetobacter aceti dimanfaatkan untuk mengubah air cuka menjadi alkohol dan alkohol menjadi asam cuka.
7. Methanobacteriun methanoat Bakteri saprofit anaerob dimanfaatkan untuk pembuatan gas bio atau biogas.
8. Streptococcus griceus dimanfaatkan untuk penghasil antibiotic streptomisin sehingga banyak dimanfaatkan dalam industri obat-obatan.

Tabel 1.1 Bakteri di bidang framentasi

No.	Nama produk atau makanan	Bahan baku	Bakteri yang berperan
1.	Yoghurt	susu	Lactobacillus bulgaricus danStreptococcus thermophilus
2.	Mentega	susu	Streptococcus lactis
3.	Terasi	ikan	Lactobacillus sp.
4.	Asinan buah-buahan	buah-buahan	Lactobacillus sp.
5.	Sosis	daging	Pediococcus cerevisiae
6.	Kefir	susu	Lactobacillus bulgaricus danStreptococcus lactis		Bahan Baku	Jenis Bakteri yang Berperan
7.	Yakult	Susu	Lactobacillus casei		Susu	Lactobacillus casei
8.	Nata de coco  (kolang-kaling buatan)	Sari air kelapa	Acetobacter xylinum		Susu	Lactobacillus bulgaricus
9.	Asam cuka	Alkohol	Acetobacter		Sari air kelapa	Acetobacter xylinum
10.	Asam butirat	-	Clostridium bitricum		Susu	Streptococcuslactis
11.	Asam propionat	-	Propioni bactericum		Alkohol	Acetobacter
12.	Sauerkraut	Irisan Kubis	Lactobacillus Plantarum		Ikan	Loctobacillus sp.
13.	Acar	Ketimun	Leuconostoc mesenteroides		Buah-buahan	Loctobacillus sp.
14.	Buah Zaitun Hijau	Daging sapi dan babi	Leuconostoc mesenteroides		-	Clostridium bitricum

No	Nama Bakteri	Peran
15.	Aspergillus oryzae	Kecap
16.	Rhizopus sp.	Tempe
17.	Saccharomyces sp.	Tape
18.	Lactobacillus sp.	Keju
19.	Saccharomyces sp.	Alkohol
20.	Neurospora sitophila	Oncom
21.

Tabel 1.2 Peranan Bakteri Sebagai Pengurai

No	Bakteri	Peran
1.	Escherichia coli	Membantu Pembusukan Makanan
2.	Methanobacterium omelianski	Menguraikan asam cuka maenjadi metana
3.	Clostridium  sporangeus	Menguraikan asam amino menjadi amonia
4.	Desulfovibrio desulfuricans	Menguraikan bangkai
5.	Thiobacillus denitrificans	Menguraikan nitrit dan menghasilkan N Denitrifikasi
6.	Nitrosomonas danNitrosococcus	Amonia menjadi nitrit
7.	Nitrobacter	Nitrit menjadi nitrat

Tabel 1.3 Peranan Positif Bakteri Di Bidang Pertanian

No	Nama Bakteri	Peran
1.	Bakteri Rhizobium Leguminosarum	Mencukupi kebuthan nitrogen
2.	Bakteri Pasteuria Penetrans	Pengembalian nematoda pada lada
3.	Bacillus thurigiensis (BT	Menyerang Hama
4.	Bauveria Bassiana	Membunuh Hama
5.	Metharizum Anisopliae	Menyerang Hama
6.	Trichoderma sp	Mengendalikan Penyakit Tanaman
7.	Azospirillum sp dan Azotobactersp	Penambat N Simbiotik
8.	Endomikoriza	Melarutkan fosfat

Tabel 1.4 Peranan bakteri yang menguntungkan dalam bidang industri

No	Bakteri		Produk	Kegunaan
1.	Clostridium asetobutylicum		Aseton-Butanol	Pelarut : Pembuatan bahan kimia
2.	Bacillus polymyxa Enterobacter aerogenes		Buthanedhiol	Pelembab intermediat kimia
3.	Gluconobacter suboxydans		Dihidroksiaseton	Bahan Kimia halus
4.	Pseudomonas sp		Asam-2 Ketoglekunat	Intermediet untuk asam D-araboaskorbat
5.	Gluconobacter suboxydans		Asam 5-ketoglukonat	Intermediet asam tartat
6.	Lactobacillus delbrueckii		Asam Laktat	Produk pangan, tekstil, dan pe\mbuatan bahan kimia, menghilangkan kapur dari kulit binatang
7.	Bacillus subtillis		Amilase bakteri	Memodifikasi pati, merekatkan kertas, melepaskan perekat pada tekstil
8.	Bacillus subtilis		Protase bakteri	Memperhalus struktur dan urat kulit binatang, melepaskan serat, penghilang noda, pengempuk daging
9.	Leuconostoc mesenteroides		Dekstran	Stabilisator dalam produk pangan, pengganti plasma darah
10.	Gluconobacter suboxydans		Sarbose	Pembuatan asam askorbat
11.	Streptomycesalivaceus Propionibacterium freudenreichii		Kobalamin	Pengobatan anemia pernisiosa, pelengkap makanan, dan makanan ternak

Tabel 1.5 Peranan bakteri dibidang kesehatan

		Nama Bakteri	Hasil Antibiotik
1.	Streptomyces griseus		Streptomicin
2.	Streptomyces rimosus		teramisin
3.	Streptomyces venezuelae		chloracimphenicol/kloromisitin
4.	Streptomyces aureofaciens		aureomisin
5.	Bacillus subtilis		polimiksin
6.	Bacillus subtilis		basitrasin
7.	Bacillus brevis terotrisin		terotrisin
8.	Penicillium		Penisilin
9.	Bacillus Polymyxa		Antibiotik Polymixin
10.	Acetobacter Aceti		Asam Cuka

Tabel 1.6 Peranan Negatif Bakteri Pada Manusia

BAKTERI PADA MANUSIA                                                   PERAN NEGATIF
No	Nama Bakteri	Penyebab Penyakit
1.	Salmonella enterica	Tifus
2.	Mycobacterium tuberculosis	TBC
3.	Clostridium tetani	Tetanus
4.	Influenzavirus	Influenza
5.	HIV	AIDS
6.	Hepatitis B Virus	Hepatitis B
7.	Ebola Filoviruses	Ebola
8.	Poliovirus	Polio
9.	Rabdhovirus	Rabies
10.	Coronavirus	SARS
11.	Avianvirus H5NI	Flu Burung
12.	Herpes Simplex Virus (HSV)	Herpes
13.	Bakteriofage	Usus
14.	Dengue Humorrhagic Fever (DHF)	Demam Berdarah
15.	Varicella-Zoster	Cacar Air
16.	Paramyxovirus	Gondong
17.	H1N1	Flu Babi
18.	Vibriocomma	Kolera
19.	Diplococcus pneumonia	Pneumonia (paru)
20.	Mycobacterium tuberculosis	TBC
21.	Mycobacterium leprae	Lepra
22.	Neisseria gonorrhoe	Rajasinga
23.	Pasteurella pestis	Pes/sampar
24.	Salmonella typhosa	Tipus
25.	Shigella dysentriae	Disentri
26.	Treponema pallidum	Sifilis
27.	Vibrio comma	Kolera
28.	Neisseria Gonorrhoeae	Kencing nanah
29.	Treponema Pallidium	Sifilis
30.	Shigella dysenteriaea	Disentri

Tabel 1.7 Peranan Negatif Bakteri Pada Hewan

No	Nama Bakteri	Penyakit
1.	Actinomyces bovis	Bengkak rahang pada sapi
2.	Bacillus anthracis	Penyakit anthraks pada ternak
3.	Streptococcus agalactia	Radang payudara sapi
4.	Cytophaga columnaris	Penyakit pada ikan
5.	Virus Cowpox	Cacar pada sapi
6.	Virus rabies	Rabies pada anjing,kucing dan monyet
7.	New Castle Disease (NCD)	Tetelo pada ayam
8.	Virus Foot and Mouth Disease (FMD)	Mulut dan kuku pada ternak
9.	Brucella abortus	Brucellosis pada sapi
10.	Streptococcus agalactia	Mastitis pada sapi
11.	Bacillus antharacis	Antraks
12.	Mycobacterium Leprae	Lepra

Tabel 1.8 BAKTERIOLOGI LINGKUNGAN

No	Nama Bakteri	Peran
1.	Bacillus thuringiensis	Sebagai bionsektisida
2.	bacillus subtilis	Sebagai Pupuk bio-fosfor
3.	pesdumonas putida	mengkonsumsi hidrokarbon yang merupakan bagian utama dari mnyak bumi.
4.	Thiobascillus ferrooxidans	Menghasilkan limbah logam berat
5.	Alcaligens faesalis	Untuk limbah protein
6.	Aspergillus niger	Metabolisme pestisida
7.	Bacillus megatherium.	Pelarut posfat

Tabel 1.9 Peranan Negatif bakteri Pada Tumbuhan

No	Nama Bakteri	Penyakit
1.	Xanthomonas oryzae	Menyerang pucuk batang padi.
2.	Xanthomonas campestris	Menyerang tanaman kubis.
3.	Pseudomonas solenacearum	Penyakit layu pada terung-terungan.
4.	Erwinia amylovora.	Penyakit bonyok pada buah-buahan
5.	Xanthomonas Citri	Kanker batang jeruk
6.	Erwinia Trachelphilia	Busuk pada daun labu
7.	Agrobacterium Tumefaciens	Kanker pada batang kopi
8.	Tobacco Mozaic Virus	Mozaik pada daun tembakau
9.	Potato Mozaic Virus	Mozaik pada kentang
10.	Tomato Aucuba Mozaic Virus	Mozaik pada tomat
11.	Citrus Vein Phloem Degeneration	Kerusakan floem pada jeruk
12.	Virus Tungro	Menyerang tanaman padi
13.	Beans Yellow Mozaic Virus	Menyerang tanaman buncis

Mikroorganisme penyebab penyakit

1. Penyebab penyakit, baik pada manusia, hewan maupun tumbuhan. Misalnya Strptococcus pneumoniae penyebab pneumonia dan Corynebacterium diphtheriae penyebab dipteri.
2. Penyebab kebusukan makanan (spoilage), Beberapa di antara mikroorganisme dapat mengubah rasa beserta aroma dari makanan sehingga dianggap merupakan mikroorganisme pembusuk. Dalam pembusukan daging, mikroorganisme yang menghasilkan enzim proteolitik mampu merombak protein-protein

Penyebab keracunan makanan (food borne disease).

1. Bahwa bakteri penghasil racun (enterotoksin atau eksotoksin) dapat mencemari badan air, misalnya spora Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, Bacillus cereus, dan Vibrio parahaemolyticus, bakteri tersebut akan mengeluarkan racun sehingga makanan atau minuman mengandung racun dan bila dikonsumsi dapat mengganggu sistem pencernaan
2. Clostridium botulinum Merusak makanan kaleng dan meracuni makanan , tidak hanya mengganggu alat pencernaan, melainkan juga mengganggu urat saraf tepi.
3. Menimbulkan pencemaran
4. E. coli. Kehadiran bakteri ini dapat digunakan sebagi indicator pencemaran air .
5. TBC Bakteri ini dapat mengakibatkn penyakit tuberculosis pada manusia tuberculosis disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis yang dapat menyebabkan penyakit TBC pada manusia. Tuberculosis ekstra paru adalah tuberculosis yang menyerang organ tubuh selain jaringan paru, misalnya pleura (selaput paru), selaput otak, selaput jantung, kelejar limfe, tulang, persendian, kulit, usus, ginjal, saluran kencing, alat kelamin dan lain-lain

Berikut ini nama-nama bakteri yang merugikan

1. Clostridium tetani, menyebabkan penyakit tetanus.
2. Corynebacterium dipteri, menyebabkan dipteri.
3. Staphylococcus aereus, menyerang saluran pernapasan.
4. Streptococcus pyogenes, menyerang sistem pernapasan.
5. Micrococcus gonorrhea, menyebabkan penyakit kelamin.
6. Diplococcus pneumoniae, menyerang paru-paru.
7. Klebsiella pneumoniae, menyebabkan penyakit pada saluran pernapasan dan paru-paru.
8. Salmonella typhosa, menyebabkan penyakit tifus.
9. Shigella shigae, menyebabkan disentri.
10. Brucella abortus, menyebabkan abortus.
11. Pasteurella pestis, menyebabkan penyakit pes.
12. Hemophylus influenza, menyebabkan influenza.
13. Flavobacterium dan Achromobacter, membusukkan telur.
14. Lactobacillus, membusukkan sayur-sayuran, buah-buahan, dan umbi-umbian.
15. Staphylococcus dan Achromobacter, menyebabkan daging dan ikan membusuk.
16. Clostridium botulinum, menghasilkan racun pada makanan kemasan.
17. Pseudomonas cocovenenans, menghasilkan racun pada tempe bongkrek. Tempe bongkrek adalah tempe yang dibuat dari ampas kelapa, jika kurang bersih bisa dijangkiti bacteri Pseudomonas yang menghasilkan aflatoksin.

http://biologigonz.blogspot.com